Pein (Rei - é¶)
Possui um Doujutsu lendário chamado Rin'negan que está na classificação de melhor dos doujutsus existentes. Quem possui o Rin'negan de verdade consegue utilizar qualquer técnica com um dos Cinco Elementos da Natureza. Konan em certo ponto mencionou que Pein jamais perdeu uma luta, mas a partir do mangá 430 ao 443 perdeu a primeira vez para o jinchuuriki da Kyuubi no Youko, Uzumaki Naruto.
Pein possui seis corpos que compartilham a mesma consciência e que são controlados por um ser misterioso. dentre suas habilidades está a capacidade de absorver a energia de qualquer espécie de técnica, a de invocar diversas espécie de seres, de ressuscitar os mortos. Cada um dos seis corpos de Pein podem utilizar somente um tipo de técnica, e cada um possui um manto da Akatsuki, e diversos piercings espalhados pela face.
Pein nomeia-se um "Deus", devido ao seu grande poder, e também porque está sempre evoluindo. Um dos corpos que Pein utiliza é o de Yahiko, seu antigo amigo e companheiro. Pein (Nagato), Yahiko e Konan foram discÃpulos de Jiraiya. Pein também diz que levará a dor a todos aqueles que julga merecerem o castigo, fazendo com que o mundo conheça a verdadeira dor. Ele foi um dos fundadores da Akatsuki e é possivelmente parente de um dos fundadores do Mundo Shinobi, o Eremita dos Seis Caminhos.
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Konan (Haku - ç½)
Ela tem cabelo azul, com um ornamento em forma de flor branca feito de papel, um origami, e um piercing acima do queixo. A missão dada para ela foi capturar a Kyuubi no Youko selada em Naruto Uzumaki, juntamente com Pein, que sempre a acompanha. Seu único Jutsu conhecido é o de manipular e se transformar em origamis, o Origami no Jutsu. Também sabe-se que fora aluna de Jiraiya juntamente com Nagato (Pein) e Yahiko. Konan aparenta ser devota a Pein, e que é seu "braço direito". Por ser muito amiga de Nagato, entrou junto com ele para Akatsuki e possivelmente ajudou a funda-la, também é a unica mulher na organização
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Zetsu (Kai - ç)
Um membro misterioso da organização. Aparenta possuir "dupla personalidade", ou então duas metades diferentes em um mesmo corpo. Possui a habilidade de fundir seu corpo a diversos materiais, tais como os troncos de árvores, as rochas, a grama, o solo. Com essa técnica pode-se dizer que possui uma visão de longo alcance, podendo ver claramente quem se aproxima a muitos metros. Um de seus trabalhos na Akatsuki é o de eliminar corpos que a organização julgue não serem úteis, para assim desaparecer com qualquer vestÃgio da organização, mantendo-a no anonimato. Possivelmente foi um dos primeiros a entrar na Akatsuki, devido saber muito sobre a organização e sobre os lideres.
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Kisame Hoshigake (Nan - å)
Fez parte do grupo dos 7 Espadachins da Névoa, assim como Zabuza Momochi e Raiga Kurosuki. Seu estilo de luta é mesclado entre a utilização de sua espada, a Samehada e Ninjutsus baseados no uso do elemento água, Suiton no Jutsu. Segundo Neji Hyuuga, Kisame Hoshigake possui tanto Chakra, ou mais, quanto Naruto Uzumaki, tanto é que fora considerado por Pein o integrante com a maior quantidade de Chakra dentro da organização Akatsuki. à um Nukenin da Vila Oculta da Névoa. Quando saia a campo formava dupla com Uchiha Itachi, seu grande amigo.
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Tobi/Madara Uchiha (Gyoku - ç)
Apesar de ter sido o último integrante a adentrar na organização, Tobi revela ser posteriormente Madara Uchiha, um dos fundadores da Akatsuki. Possui uma máscara laranja feita em espirais, com um único furo no olho direito. A personalidade de Tobi inicialmente era diferente dos outros integrantes da organização, ele era brincalhão, extrovertido e desajeitado, sendo o ultimo a ser recrutado pela organização; porém após revelar sua verdadeira identidade sua personalidade muda completamente, passando a ser uma pessoa fria, calculista e manipuladora,foi o último membro a entrar na Akatsuki.
Tobi possui um poder muito grande, visto que possui o Fuumetsu Mangekyou Sharingan, e com ele pode executar técnicas incrÃveis, como o Doujutsu • Ryokoo Basho Tenki, que lhe permite tele-transportar partes, ou todo o seu corpo no espaço-tempo, sendo assim possui uma velocidade inimaginável e é inatingÃvel a ataques.
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Itachi Uchiha (Shu - æ±)
O irmão mais velho de Sasuke Uchiha. Por ser do Clã Uchiha possui um Sharingan. Para obter uma forma mais poderosa do Sharingan, o Mangekyou Sharingan, teve que matar o seu melhor amigo, Shisui Uchiha. Após obter o Mangekyou Sharingan recebeu ordens do alto escalão da Vila Oculta da Folha para exterminar todos os membros do Clã Uchiha, porém obteve a ajuda de seu novo mestre, Madar